MICROBIOLOGIE

Présentation du Laboratoire

Intégré au Pôle Biologie-Pharmacie du CHU de Caen, le secteur de Microbiologie regroupe les activités diagnostiques en Bactériologie et Parasitologie – Mycologie sur le site Côte de Nacre. Il est organisé en 6 sous-secteurs :

• Bactériologie par culture bactérienne
• Mycobactéries (laboratoire P3)
• Parasitologie-Mycologie
• Sérologie bactérienne, fongique et parasitaire
• Biologie moléculaire
• Identification, antibiotype, et typage moléculaire bactérien (activité pour l’hygiène hospitalière) 

L'ensemble du personnel est engagé dans un système d'assurance qualité (Norme NF EN ISO 15189) afin de coordonner les moyens humains et les techniques (métrologie) pour répondre aux demandes de nos correspondants. 

Missions Hospitalières du Laboratoire

• le diagnostic des infections bactériennes, fongiques et parasitaires 24h/24, 7j/7 (permanence des soins),
• la réalisation d’antibiogrammes et d’antifongigrammes
• le conseil thérapeutique de première ligne pour les infections sévères (antibiotiques, antifongiques et antiparasitaires)
• la juste prescription des antibiotiques dans le cadre de la Commission des Agents Infectieux (CAI)
• la prévention et la lutte contre les infections nosocomiales : identification et typage des bactéries multi-résistantes en collaboration avec le service d’Hygiène Hospitalière.

Rôle Régional du Laboratoire

• membre de la FeNOMIH (Fédération Hospitalo-Universitaire Normande de Microbiologie, Infectiologie et Hygiène Hospitalière)
• laboratoire associé au centre de référence des Infections ostéoarticulaires complexes (CRIOAC)
• laboratoire référent pour le diagnostic anténatal de la toxoplasmose (agrément ministériel).

Activités de routine

Diagnostic microbiologique et conseil thérapeutique :

• réalisation d’analyses bactériologiques, mycologiques et parasitologiques : examens directs, cultures, identifications par spectrométrie de masse de type MALDI-TOF), méthodes antigéniques, sérologiques et moléculaires (PCR spécifiques, « pan » bactériennes et fongiques)
• diagnostic classique et rapide (par biologie moléculaire) de la tuberculose ; diagnostic des infections à mycobactéries atypiques, antibiogrammes des mycobactéries
• détermination de la sensibilité aux antibiotiques (antibiogramme), incluant la méthode de référence par micro-dilution en milieu liquide (Détermination des Concentration Minimales Inhibitrices) (Système VISION)
• rôle d’alerte et de conseil thérapeutique en cas de diagnostic d’infections sévères (bactériémie, endocardite…).

Prévention du risque infectieux :

• identification des bactéries multi-résistantes (BMR) et Hautement Résistantes émergentes (BHRe).

Les domaines d’expertise

Bactériologie

• diagnostic et antibiothérapie des infections ostéo-articulaires, des infections sur matériel intra-cardiaque et des endocardites infectieuses, des infections chez les sujets atteints de mucoviscidose, des infections par mycobactéries tuberculeuses et atypiques
• antibiorésistance (diagnostic phénotypique et moléculaire)
• typage moléculaire.

Parasitologie-Mycologie

• diagnostic parasitologique et fongique, direct (morphologique et/ou moléculaire) et indirect (antigènes/anticorps)
• résistance aux antifongiques
• agrément pour le diagnostic prénatal de la toxoplasmose
• activités de surveillance et de déclaration auprès des CNR (infections fongiques invasives, toxoplasmoses congénitales et acquises, paludismes d’importation, …).

ontrôle microbiologique des produits de santé

• contrôle microbiologique de produits de santé (greffons, laits maternels, biothérapie).

Unité médico-judiciaire réquisitionnée pour l’analyse d’échantillons dans un contexte légal.

Missions Universitaires du Laboratoire

1) Formation pratique au laboratoire

De par ses activités Hospitalo-Universitaires, le service est agréé pour la formation pratique des internes inscrits en DES de Biologie Médicale

Il est aussi impliqué dans la formation de personnels techniques, d’internes hors filière, de stagiaires en BTS, licences, masters, et de divers professionnels de santé dans le cadre de la formation continue.

2) Enseignement

Les praticiens du service participent à la formation théorique des étudiants de la Faculté de Médecine (UE Agents Infectieux) et de la Faculté de Pharmacie, des internes du DES de Biologie Médicale, des étudiants en Maïeutique, des infirmiers de bloc opératoire, des étudiants en BTS, en Sciences (licences, masters, doctorats, diplômes universitaires...).

3) Recherche

Cf. paragraphe Recherche et innovation ci-dessous.