Plateforme génomique

La plateforme regroupe des activités techniques de cyto-génétique et génétique moléculaire autour d’un même automate ou chaîne d’automates (extracteurs d’acide nucléiques, thermocycleurs dont temps réel, PCR digitale, séquenceurs, …) et/ou autour d’une même approche technologique (biologie moléculaire, génomique, cytogénétique, …) et dont leur rapprochement permet une mise en commun des moyens humains et techniques. La plateforme génomique regroupe ainsi les activités techniques des services de génétique, d’anatomie et cytologie pathologiques, d’hématologie biologique, de la structure fédérative d’oncogénétique cyto-moléculaire, de la plateforme génétique moléculaire des cancers, de la biochimie, de la pharmacologie, du HLA et de tous secteurs nécessitant ces approches.
L’objectif est de bénéficier de groupes de techniciens spécialisés et expérimentés sur leurs méthodes d’analyses, de rassembler/unifier les formations et d’optimiser les temps d’occupation sur les postes afin d’envisager de nouveaux développements et des innovations dans tous les domaines de la biologie médicale.
La Plateforme génomique est organisée en deux sous-secteurs : la génétique moléculaire et la cytogénétique.
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Équipe
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Professeure des Universités · Praticienne HospitalièreHistologiste
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Faisant fonction de Cadre de SantéGénomique – BDR
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Assistant hospitalier universitaireBiologiste
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Praticien HospitalierGénétique moléculaire
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Ingénieure Faisant fonctionResponsable séquençage acides nucléiques
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Bio-informaticien
Équipe
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Responsable assurance qualité
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Praticienne Hospitalière UniversitaireHématologie biologique
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Praticienne Hospitalière
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Maître de Conférences de Universités · Praticienne HospitalièreResponsable du CNR
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Maître de Conférences des Universités · Praticienne HospitalièreHistologiste
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Activités
CIP (Comité interservices de Pilotage)- Coordinateurs de la plateforme : Guénaëlle Levallet, Nicolas Richard, François Gravey
- Cadre de santé de la plateforme : Olivia Ferec, suppléant : Manuela Leroux
- Ingénieure de la plateforme : Nadia Coudray
- Ingénieur bio-informaticien : Bryce Leterrier
- Responsable laboratoire : Simon Le Hello
- Cadre supérieure du pôle Biologie-Hygiène : Mélanie Nonennmacher
- Chefs de services (ou leur représentant) des disciplines utilisant la plateforme de génomique.
- Biologistes utilisant la plateforme de génomique
- Représentants du personnel technique : Brice Coulleray (Oncogénétique), Maryse Artu (Génétique constitutionnelle), Nathalie Millerioux (Cytogénétique)
- Représentante du département biomédical : Catalina Vialle
- Représentant de la direction système d’information : Irvin Madec
- Responsable assurance qualité : Pauline Olivier
Missions principales du CIP- Valider les coordinateurs proposés par le responsable de Laboratoire, élus pour 4 ans renouvelable
- Décider du mode de fonctionnement de la plateforme
- Valider le choix du matériel et des logiciels relevant de la Commission d’Équipement du CHU Caen Normandie
- Évaluer la faisabilité et valider le développement et la mise en production des nouvelles analyses
Gros équipements- Extracteurs d’acide nucléique (Maxwell RSC 48, Promega ; Maxwell RSC , Promega ; Quickgene)
- Robot de pipettage EP MOTION (5073 L, Eppendorf)
- Parc de 16 thermocycleurs conventionnels, 3 temps réels (LightCycler 480, Roche ; 7500 Fast, Applied Biosystems) et 3 tiroirs Idylla (Biocartis)
- Droplet Digitale PCR (QX200 Droplet Digital PCR System et QX600 Droplet Digital PCR System, Biorad)
- Labchip (GX Touch HT, Perkinelmer)
- 2 Préparateurs de Librairies (ZEPHYR NGS IQ, Perkinelmer ; STAR NGS, Hamilton)
- Séquenceur Sanger (SeqStudio, Applied Biosystems)
- 3 Séquenceurs Haut Débit (Nextseq550, Illumina ; S5 Prime + Ion Chef Instrument, Thermo Fisher et deux Miseq, Illumina dont un DX, Illumina )
- Scanners (CGH : SureScan G2600D, Agilent; FISH : DM5500 B/DM6 B/DMR, Leica ; Pathscan, Excilone)
- Trieur de cellules (AutoMACS Pro Separator, Miltenyi Biotec)
- Appareil de numération (XN-L-450, sysmex)
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Actualité(s) de la Plateforme
Juillet 2024 : La PTF Génomique met en routine un nouveau panel de séquençage haut débit !Un nouveau panel (nommé NGS_LP) développé notamment par les médecins/biologistes des services de Génétique (Responsable : Dr Nicolas Gruchy) et Hématologie Biologique (Responsable : Pr Yohann Repessé), avec l’aide méthodologique de l’ingénieure de la PTF Génomique, Nadia Coudray, est déployé depuis l’été 2024.
- Un nouveau panel pour quoi faire ? : le séquençage simultané de 138 gènes !
- Un nouveau panel pour quelles pathologies ? : les hémopathies malignes mais pas que … tout prélèvement frais peut être analysé sur ce panel (ex : pathologies vasculaires).
- Fréquence du run : 1 fois par semaine