Genomik-Plattform
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Aktivitäten
CIP (Interdepartmental Steering Committee)- Koordinatoren der Plattform: Guénaëlle Levallet, Nicolas Richard, François Gravey
- Plattform-Health-Managerin: Olivia Ferec, Stellvertreterin: Manuela Leroux
- Plattformingenieurin: Nadia Coudray
- Bioinformatik-Ingenieur: Bryce Leterrier
- Laborleiter: Simon Le Hello
- Leitende Managerin der Abteilung Biologie-Hygiene: Mélanie Nonennmacher
- Abteilungsleiter (oder deren Vertreter) der Disziplinen, die die Genomik-Plattform nutzen.
- Biologen, die die Genomik-Plattform nutzen
- Vertreter des technischen Personals: Brice Coulleray (Onkogenetik), Maryse Artu (Konstitutionelle Genetik), Nathalie Millerioux (Zytogenetik)
- Vertreterin der Abteilung für Biomedizin: Catalina Vialle
- Vertreter der Abteilung für Informationssysteme: Irvin Madec
- Qualitätsmanagementbeauftragte: Pauline Olivier
Hauptaufgaben des CIP- Die vom Laborleiter vorgeschlagenen und für eine verlängerbare Amtszeit von 4 Jahren gewählten Koordinatoren sind zu bestätigen
- Entscheiden Sie, wie die Plattform funktionieren soll
- Die vom Geräteausschuss des Universitätsklinikums Caen Normandie getroffene Auswahl an Hardware und Software ist zu bestätigen
- Bewerten Sie die Machbarkeit und validieren Sie die Entwicklung und Produktion der neuen Analysen
Großgeräte
- Nukleinsäureextraktoren (Maxwell RSC 48, Promega; Maxwell RSC, Promega; Quickgene)
- EP MOTION Pipettierroboter (5073 L, Eppendorf)
- Flotte von 16 konventionellen Thermocyclern, 3 Echtzeit-Thermocyclern (LightCycler 480, Roche; 7500 Fast, Applied Biosystems) und 3 Idylla-Schubladen (Biocartis)
- Droplet Digital PCR (QX200 Droplet Digital PCR System und QX600 Droplet Digital PCR System, Biorad)
- Labchip (GX Touch HT, PerkinElmer)
- 2 Buchhandlungsvorbereitungssysteme (ZEPHYR NGS IQ, PerkinElmer; STAR NGS, Hamilton)
- Sanger-Sequenzer (SeqStudio, Applied Biosystems)
- 3 Hochgeschwindigkeitssequenzer (Nextseq550, Illumina; S5 Prime + Ion Chef Instrument, Thermo Fisher und zwei MiSeq, Illumina, einer davon ein DX, Illumina)
- Scanner (CGH: SureScan G2600D, Agilent; FISH: DM5500 B/DM6 B/DMR, Leica; Pathscan, Excilone)
- Zellsorter (AutoMACS Pro Separator, Miltenyi Biotec)
- Nummerierungsgerät (XN-L-450, sysmex)
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Plattform-News
Februar 2025: Die Genomic PTF implementiert routinemäßig ein neues Hochdurchsatz-Sequenzierungspanel!
Seit Anfang 2025 ist ein neues Panel (mit der Bezeichnung NGS_SP) im Einsatz, das insbesondere von den Ärzten/Biologen der Abteilungen Genetik (Leitung: Dr. Nicolas Gruchy) und Biologische Hämatologie (Leitung: Prof. Yohann Repessé) mit methodischer Unterstützung der Ingenieurin der Genomic PTF, Nadia Coudray, entwickelt wurde.
- Ein neues Panel – wozu dient es?: zur gleichzeitigen Sequenzierung von 55 Genen!
- Ein neues Panel für welche Pathologien?: solide Tumore und bestimmte maligne hämatologische Erkrankungen.
- Laufhäufigkeit: 2 Mal pro Woche.
Dezember 2024: Die Genomics PTF begrüßt einen neuen Sanger-Sequenzer 🙂
Diese Art der Sequenzierung ist nach wie vor unerlässlich für die Durchführung genomischer Analysen. Sie ermöglicht beispielsweise die Bestätigung von Anomalien, die durch Hochdurchsatzsequenzierung entdeckt wurden, die Analyse von Fragmenten und vieles mehr; die Anwendungsmöglichkeiten sind vielfältig.
Juli 2024: Die Genomic PTF implementiert routinemäßig ein neues Hochdurchsatz-Sequenzierungspanel!
Seit dem Sommer 2024 ist ein neues Panel (mit der Bezeichnung NGS_LP) im Einsatz, das insbesondere von den Ärzten/Biologen der Abteilungen Genetik (Leitung: Dr. Nicolas Gruchy) und Biologische Hämatologie (Leitung: Prof. Yohann Repessé) mit methodischer Unterstützung der Ingenieurin der Genomic PTF, Nadia Coudray, entwickelt wurde.
- Ein neues Panel – wozu dient es?: zur gleichzeitigen Sequenzierung von 177 Genen!
- Ein neues Panel für welche Pathologien?: maligne hämatologische Erkrankungen, aber nicht nur… jede frische Probe kann mit diesem Panel analysiert werden (z. B. Gefäßpathologien).
- Ausführungshäufigkeit: einmal alle 15 Tage.
Mai 2024: Die Genomics PTF begrüßt einen neuen MiSEQ DX Sequenzer 🙂
Dieses Sequenziergerät wird den Einsatz neuer Sequenzierungspanels für solide Tumore und mikrobielle Sequenzierung ermöglichen!
