CENTRE NATIONAL DE RÉFÉRENCE (CNR) DES VIRUS DE LA ROUGEOLE, RUBÉOLE ET OREILLONS

Les Centres Nationaux de Référence (CNR) sont des laboratoires experts dans la microbiologie des maladies transmissibles. Ils sont nommés par arrêté du Ministère en charge de la santé pour une période de 4 ans. Leur reconduction est soumise à une évaluation faite par un Comité des CNR placé sous la responsabilité du Directeur général de l'Institut de Veille Sanitaire.

Le laboratoire de virologie du CHU de Caen a été désigné CNR des virus de la Rougeole, Rubéole et Oreillons. Il est chargé, en liaison étroite avec l'Institut National de Veille Sanitaire (InVS) de contribuer au diagnostic et à la surveillance épidémiologique des infections humaines causées par le virus de la rougeole (Measles virus, MeV, virus morbilleux), le virus respiratoire syncytial humain (hRSV, VRS), le métapneumovirus humain (hMPV), les 4 virus parainfluenza humain (hPIV) et le virus des oreillons (MuV, virus ourlien).

CENTRE NATIONAL DE RÉFÉRENCE (CNR) DES VIRUS DE LA ROUGEOLE, RUBÉOLE ET OREILLONS

Activités

Actualités – Rapports :

Pour télécharger la fiche de renseignements, la fiche de recommandations, le rapport d'activité ou le bilan actuel de la rougeole consultez la rubrique "documentation en téléchargement".

Activités de diagnostic

Diagnostic virologique de la rougeole :

Le diagnostic virologique de la rougeole accompagne en général le processus de "D.O." (Déclaration Obligatoire de la Rougeole). Il s'appuie soit sur le diagnostic direct : recherche du virus ou de ses constituants (ARN, antigènes), soit sur la recherche des anticorps : diagnostic indirect ou sérodiagnostic.

  • Les prélèvements :
    • Le prélèvement salivaire est réalisé par le médecin à l'aide d'un kit salivaire fourni par les ARS, comprenant les systèmes de prélèvement ("salivette"), de transport (boite et enveloppe), et de renseignements (identité clinique). Le prélèvement permet la recherche du génome ARN viral et des anticorps anti virus en cas d'ARN négatif. Il est transmis par voie postale au CNR.
    • En milieu hospitalier un prélèvement nasal ou naso-pharyngé sur milieu de transport virologique est recommandé. Il permet de rechercher l'ARN viral.
    • Le prélèvement sanguin est destiné le plus souvent à la recherche des anticorps anti virus de la rougeole (sérologie). C'est aujourd'hui l'approche recommandée en médecine communautaire (Cf. Fiche de recommandations). La prise de sang périphérique est réalisée sur un tube sec. Il n'est pas nécessaire si un prélèvement salivaire a été réalisé. La présence du virus dans le sang (virémie) peut être recherchée sur un tube de sang EDTA.
    • Dans certaines complications, d'autres prélèvements sont utiles : secrétions trachéo-bronchiques, urines, liquide céphalo-rachidien...
  • Les techniques :
    • La technique de base utilisée pour la détection du virus est la recherche de l'ARN viral par une technique moléculaire : RT-PCR (reverse-transcription, polymerase-chain-reaction) en temps réel. En cas de détection positive, l'identification du génotype viral est effectuée par séquençage d'une partie du génome viral.
    • L'isolement des souches de virus de la rougeole est réalisé au CNR sur des cultures de cellules Vero Slam. Il est indiqué pour l'étude de certaines souches virales.
    • La détection des anticorps anti virus de la rougeole, des classes IgG et IgM, est réalisée en routine à l'aide de trousses immunoenzymatiques (ELISA) commerciales. La recherche des anticorps neutralisants en culture cellulaire (anticorps protecteurs) est possible, mais plus compliquée. A partir d'un certain taux, ils sont corrélés aux taux d'anticorps décelés en ELISA.
  • Les délais de réponse, interprétation et transmission des résultats :
    • L'ARN viral est détectable en environ 4-5 heures par la technique de RT-PCR. Il signe l'infection virale en cours. Dans la salive ou le naso-pharynx, il est présent pendant les phases d'invasion et éruptive. La détection dans le sang (virémie) est précoce et transitoire. La présence du virus dans l'urine peut être prolongée de quelques jours.
    • L'isolement du virus en culture nécessite au minimum une semaine de culture.
    • Les anticorps anti virus de la rougeole sont dosables en ELISA en environ 2 heures. La présence d'anticorps IgM et IgG signe l'infection (en dehors d'une vaccination anti-rougeole récente). Les anticorps IgM et IgG apparaissent avec l'éruption ; les IgM persistent environ 2 mois, et les IgG très longtemps...
    • Tout transport de plus de 72h à température ambiante des échantillons vers le CNR peut rendre faussement négatifs les tests de détection de l'ARN, du virus ou des anticorps IgM.
    • Les résultats des examens pratiqués au CNR sont transmis aussitôt au médecin ou biologiste prescripteurs, qui dans le cadre de la D.O., doivent les transmettrent à l'ARS locale.

Diagnostic des infections dues aux autres Paramyxoviridae respiratoires : VRS, hMPV, hPIV :

  • pour tous les virus (VRS, hMPV, hPIV , MuV, NDV), le prélèvement recommandé est un recueil de secrétions nasales :
    • Elles sont prélevées par un écouvillonnage appuyé de la partie antérieure des fosses nasales ou par aspiration à l'aide d'une pompe. Elles doivent être placées dans un milieu spécifique (Milieu de Transport Virologique) et transmises au CNR.
    • D'autres prélèvements sont utilisables : secrétions trachéo-bronchiques chez les patients intubés, LCR : oreillons.
    • Le prélèvement sanguin est inutile dans les infections à VRS, hMPV, hPIV, NDV (il n'y a pas de virémie et les anticorps spécifiques apparaissent de façon retardée). Il est utile dans les oreillons : détection des IgM et IgG par ELISA en cas de primoinfection.
  • Les techniques mises en oeuvre pour la recherche directe :
    • La détection d'antigènes de VRS, hMPV et hPIV1,2 et 3 est réalisée par immunofluorescence sur un frottis de secrétions nasales.
    • L'isolement viral est possible sur cellules MRC5 pour le VRS, et sur certaines lignées continues humaines ou animales pour les hPIV, hMPV et MuV. Cette technique n'est pas recommandée pour le diagnostic.
    • La recherche de l'ARN viral est effectuée par RT-PCR pour tous les virus : VRS, hPIV, hMPV, MuV, NDV. Ce sont, selon les cas, des RT-PCR en temps réel ou classiques, uni- ou multiplex.
  • Les délais de réponse, interprétation et transmission des résultats :
    • Le test d'immunofluorescence directe fournit un résultat en environ 60 min. Il peut apparaître négatif si le prélèvement a été pratiqué tardivement, s'il contient peu de cellules, ou a été transmis dans de mauvaises conditions.
    • L'ARN viral est détectable en environ 4-5 heures par la technique de RT-PCR, et 24 heures par la technique de RT-PCR classique. Il signe l'infection virale en cours. Pour tous les virus, il est toujours présent pendant la phase aiguë de la maladie et peut persister plusieurs jours après la guérison.
    • Les résultats des examens pratiqués au CNR sont transmis directement au médecin ou biologiste prescripteurs.

Conditions financières :

Les examens pratiqués au CNR tels que le diagnostic salivaire et l'identification du génotype ne sont pas facturés.

Autres activités d'expertise

  • Le CNR contribue à la connaissance de la séroprévalence et du niveau de protection de la population contre les virus de la rougeole, des oreillons, les VRS, hHMPV, hPIV et NDV par des enquêtes sérologiques.
  • Le CNR assure le traçage épidémiologique d'infections liées à ces différents virus survenues des communautés (identification du cas index, épidémies nosocomiales des services hospitaliers, épidémies dans les collectivités de personnes âgées,etc...) grâce à l'utilisation d'outils moléculaires spécifiques.
  • Le CNR constitue et entretient une souchothèque comprenant les souches de référence, les souches représentatives des épidémies successives et des souches isolées de pathologies graves ou particulières.

Formation, transfert de connaissances

  • Le CNR assure le maintien et la diffusion de matériel biologique de référence : souches virales, lignées cellulaires, contrôle ARN positifs.
  • Il est investit dans la mise au point, l'évaluation et la diffusion des techniques de diagnostic, commerciales ou académiques.
  • Il participe aux enseignements universitaires et hospitaliers sur les virus de la rougeole, des oreillons, les VRS, hMPV et hPIV.
  • Il contribue à la formation de biologistes étrangers en les accueillant en stage ou en y associant le transfert des technologies.

Collaborations et réseaux

Le CNR fait partie des laboratoires européens accrédités pour le diagnostic de la rougeole "Euro Measles/Rubella laboratory Network", par l'OMS.

Le CNR a mis en place une collaboration régulière avec trois structures :

  • InVS : envoi bi-mensuel des informations épidémiologiques : nombre de souches, génotypes.
  • "European Regional Reference laboratory for Measles and rubella", à l'Institut d'Immunologie (Luxembourg) : envoi des séquences virales pour comparaison aux autres génotypes européens.
  • "WHO Regional Office for Europe, Communicable Disease Unit" de Copenhague : envoi des informations épidémiologiques.

informations pratiques

Le CNR, localisé dans le Laboratoire de Virologie Humaine et Moléculaire du CHU de Caen est ouvert du lundi au vendredi de 8h à 17h. Les échantillons peuvent être reçus le samedi matin de 8h à 12h.

Les recherches d'ARN viral sont effectuées tous les jours ouvrables.

La fiche accompagnant l'échantillon doit comprendre, outre les renseignements administratifs (nom, prenom, âge, sexe,...etc.), les informations suivantes :

  • le nom, l'adresse, le N° de téléphone et le courriel du médecin prescripteur,
  • la date du début de l'éruption et la date de réalisation du prélèvement salivaire,
  • une appréciation globale de l'intensité de la maladie : rougeole typique, rougeole atténuée, rougeole compliquée,
  • le terrain fragilisé : nourrissons, femmes enceintes, immunodéprimés,
  • la notion d'une vaccination dans l'enfance (1 ou 2 doses) ou récente (1 à 4 semaines), ou d'un voyage récent,
  • l'existence ou non de cas groupés et/ou d'un contact identifié,
  • le résultat peut être attendu dans les 24-48h. suivant la réception de l'échantillon. Il est envoyé aussitôt par fax ou courriel au médecin ou au laboratoire prescripteurs. Un envoi postal, comprenant le génotype viral en cas de recherche d'ARN positive, suit quelques jours après,
  • l'identification du génotype viral par séquençage est réalisée 2 fois par semaine.

Pathologies

Rappel sur les maladies causées par ces virus

La rougeole :

La rougeole est une fièvre éruptive à fort potentiel épidémique car très contagieuse. La transmission se fait surtout à partir des secrétions naso-pharyngées, et plus rarement par des objets contaminés.

La contagiosité des malades commence 4-5 jours avant le début de l'éruption ("phase d'invasion") et s'étend jusqu'à au moins 5 jours après.

L'incubation est d'environ 10 jours. La maladie débute par des signes respiratoires : fièvre, rhinite, conjonctivite, toux, un énanthème buccal (signe de Koplick) et un malaise général. L'éruption apparaît au bout de 2 à 4 jours. Faite de boutons rouges (maculo-papules), elle débute au niveau de la tête et s'étend progressivement de haut en bas et vers les extrémités en quelques jours.

La rougeole a trop souvent l'image de maladie bénigne, alors qu'elle peut être grave dans certains cas : pneumonie surtout chez l'enfant (2 à 7%), encéphalite aiguë surtout chez l'adulte (1/1000), décès (0,7/1000 en Europe en 2006 [Muscat M. Lancet 2009]).

Epidémiologie de la rougeole :

Le nombre de rougeoles a énormément diminué en 20 ans en France grâce à la vaccination (1ère autorisation de mise sur la marché du vaccin contre la Rougeole en 1983, et introduction du vaccin triple, Rougeole-Rubéole-Oreillons en 1986). En 1996, une seconde dose du vaccin triple est recommandée à 11-13 ans, âge rabaissé à 3-6 ans en 1997 pour permettre d'éliminer plus rapidement la Rougeole. Depuis 1999 ce vaccin triple est pris en charge à 100% par l'Assurance maladie jusqu'à l'âge de 13 ans.

Alors que quelques dizaines de rougeoles étaient déclarées chaque année en France jusqu'en 2007, la rougeole réapparaissait fin 2008, avec 604 cas déclarés à l'InVS cette année là, 1 482 cas en 2009 et plus de 4 500 cas en 2010.

On voit significativement augmenter en 2010 les rougeoles chez les petits nourrissons et les sujets âgés de 20 ans ou plus. La majorité des cas (82%) survient évidemment chez des sujets non vaccinés contre la rougeole ; 13% des sujets atteints ont reçu une dose. 34% des rougeoles déclarées en 2010 ont été hospitalisées, et environ 1/3 des malades ont présenté des complications, notamment pulmonaires (Parent du Chatelet I. Eurosurveillance 2010).

Le virus circule dans toutes les régions françaises, notamment dans les régions parisiennes, PACA et Centre. Le diagnostic et la surveillance épidémiologique des cas de rougeoles sont donc aujourd'hui extrêmement importants.

La bronchiolite à virus respiratoire syncytial :

Le VRS (Virus Respiratoire Syncytial) est l'agent majeur des épidémies hivernales de bronchiolites aiguës du nourrisson.

La bronchiolite aiguë est une maladie inflammatoire d'origine infectieuse touchant les petites bronches (bronchioles) ; elle débute par une rhinite peu ou pas fébrile, et entraîne rapidement de la toux, une gêne respiratoire (polypnée) et un sifflement expiratoire souvent perçu à distance (wheezing).

On estime leur nombre à environ 460 000 cas par an en France. Elles touchent 30% des nourrissons.

Le VRS est le virus le plus fréquemment détecté chez les enfants hospitalisés pour une infection respiratoire basse. Leur prise en charge médicale implique l'appréciation de la gravité immédiate de l'infection (terrain, détresse respiratoire, apnée...) et du retentissement ultérieur (asthme...). Les bronchiolites à VRS ont augmenté ces 20 dernières années. Ce virus peut donner des atteintes pulmonaires graves chez les personnes âgées et les sujets immunodéprimés.

Epidémiologie des infections à VRS :

En France, les épidémies d'infections à VRS surviennent chaque année. Elles débutent en octobre ou novembre, culminent en décembre ou janvier, et s'étendent sur une durée moyenne de 3 à 5 mois (Freymuth, Virologie 2003). L'épidémie est d'importance à peu près égale d'une année sur l'autre, ce qui la différencie fondamentalement de l'épidémie grippale.

Les autres Paramyxoviridae :

Le métapneumovirus humain (hMPV) a été récemment identifié en France (Freymuth, Ped Infect Dis J, 2003). Il est responsable d'une épidémie de bronchiolites coïncidant avec celles dues au VRS. Cliniquement elles ressemblent à celles liées au VRS, mais sont dans l'ensemble moins fréquentes et moins graves.

Le virus des oreillons (MuV) est responsable d'une inflammation des glandes salivaires parotidiennes (parotidite), et parfois de complications telles que des méningites, des atteintes des glandes génitales... Grâce à la vaccination, la maladie a presque entièrement disparu. Pourtant, de petites épidémies ont été récemment observées dans les populations vaccinées (Eurosurveillance, 2004).

Les virus parainfluenza humains (hPIV1,2,3,4) surviennent régulièrement chaque année, avec une prédominance en hiver et au printemps (Fry Clin Infect Dis 2006). Les atteintes les plus graves sont des bronchiolites et des laryngites.

Le virus de la maladie de Newcastle (NDV, Newcastle Disease virus) est un virus aviaire susceptible de contaminer un sujet exposé professionnellement (éleveur de volailles). L'infection se limite à des conjonctivites.

Equipe

Pr Astrid VABRET

Professeur des Universités - Praticien Hospitalier
Chef de service de virologie - Directeur du CNR
Tél. : 02 31 27 20 14
Fax : 02 31 27 25 57
Courriel : vabret-a@chu-caen.fr

Dr Julia DINA

Maître de Conférences des Universités-Praticien Hospitalier
Adjointe au directeur du CNR
Tél. : 02 31 27 20 18
Fax : 02 31 27 25 57
Courriel : dina-j@chu-caen.fr

Gaël AMELOT

Technicien du CNR
Tél. : 02 31 27 25 54
Fax : 02 31 27 25 57
Courriel : cnr-roug-para@chu-caen.fr

Martine GAUTRON

Secrétaire
Tél. : 02 31 27 25 54
Fax : 02 31 27 25 57
Courriel : cnr-roug-para@chu-caen.fr

Recherche et innovation

La recherche effectuée au CNR se déroule dans le cadre de l’équipe d’accueil  EA 2656 - Groupe de Recherche sur l’Adaptation Microbienne · GRAM 2.0.

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Adresse

CNR de la Rougeole et des Paramyxoviridae respiratoires,
Laboratoire de de Virologie - pôle biologie
Centre Hospitalier Universitaire
avenue Georges Clemenceau
CS 30001
14033 CAEN cedex 9

Coordonnées

GPS : 49.205520, -0.357619
Tél. secrétariat : 02 31 27 25 54
Fax : 02 31 31 27 25 57
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