Genomische Plattform
-
-
Aktivitäten
CIP (Interdepartementaler Lenkungsausschuss)- Koordinatoren der Plattform: Guénaëlle Levallet, Nicolas Richard, François Gravey
- Gesundheitsmanagerin der Plattform: Olivia Ferec, Stellvertreterin: Manuela Leroux
- Plattformingenieurin: Nadia Coudray
- Bioinformatik-Ingenieur: Bryce Leterrier
- Laborleiter: Simon Le Hallo
- Senior Managerin der Abteilung Biologie-Hygiene: Mélanie Nonennmacher
- Abteilungsleiter (oder deren Vertreter) der Disziplinen, die die Genomik-Plattform nutzen.
- Biologen nutzen die Genomik-Plattform
- Vertreter des technischen Personals: Brice Coulleray (Onkogenetik), Maryse Artu (Konstitutionsgenetik), Nathalie Millerioux (Zytogenetik)
- Vertreterin der biomedizinischen Abteilung: Catalina Vialle
- Vertreter des Informationssystemmanagements: Irvin Madec
- Qualitätssicherungsleiterin: Pauline Olivier
Hauptaufgaben des CIP- Validierung der vom Laborleiter vorgeschlagenen Koordinatoren, gewählt für 4 Jahre, verlängerbar
- Entscheiden Sie, wie die Plattform funktionieren soll
- Validieren Sie die Auswahl der Hardware und Software im Rahmen der CHU Caen Normandie Equipment Commission
- Bewerten Sie die Machbarkeit und validieren Sie die Entwicklung und Erstellung neuer Analysen
Große Ausrüstung
- Nukleinsäureextraktoren (Maxwell RSC 48, Promega; Maxwell RSC, Promega; Quickgene)
- Pipettierroboter EP MOTION (5073 L, Eppendorf)
- Park von 16 konventionellen Thermocyclern, 3 Echtzeit- (LightCycler 480, Roche; 7500 Fast, Applied Biosystems) und 3 Idylla-Schubladen (Biocartis)
- Digitale Tröpfchen- PCR (QX200 Tröpfchen-Digital -PCR- System und QX600 Tröpfchen-Digital -PCR- System, Biorad)
- Laborchip (GX Touch HT, Perkinelmer)
- 2 Bibliotheksersteller (ZEPHYR NGS IQ, Perkinelmer; STAR NGS, Hamilton)
- Sanger-Sequenzer (SeqStudio, Applied Biosystems)
- 3 Hochdurchsatz-Sequenzer (Nextseq550, Illumina; S5 Prime + Ion Chef Instrument, Thermo Fisher und zwei Miseq, Illumina, darunter ein DX, Illumina)
- Scanner (CGH: SureScan G2600D, Agilent; FISH: DM5500 B/DM6 B/DMR, Leica; Pathscan, Excilone)
- Zellsortierer (AutoMACS Pro Separator, Miltenyi Biotec)
- Zählgerät (XN-L-450, sysmex)
-
Neuigkeiten von der Plattform
Februar 2025: Das Genomics PTF implementiert routinemäßig ein neues Hochdurchsatz-Sequenzierungspanel!
Seit Anfang 2025 wird ein neues Panel (NGS_SP genannt) eingesetzt, das insbesondere von Ärzten/Biologen der Abteilungen Genetik (Leiter: Dr. Nicolas Gruchy) und Biologische Hämatologie (Leiter: Prof. Yohann Repessé) mit methodischer Unterstützung der PTF-Genomik-Ingenieurin Nadia Coudray entwickelt wurde.
- Ein neues Panel, zu welchem Zweck?: die gleichzeitige Sequenzierung von 55 Genen!
- Ein neues Panel für welche Pathologien?: solide Tumoren und bestimmte bösartige Blutkrankheiten.
- Laufhäufigkeit: 2 mal pro Woche.
Dezember 2024: Das PTF Génomique begrüßt einen neuen Sanger-Sequenzer 🙂
Diese Art der Sequenzierung bleibt für die Durchführung genomischer Analysen unerlässlich. Es ermöglicht beispielsweise die Bestätigung von Anomalien, die bei der Hochdurchsatzsequenzierung erkannt wurden, die Analyse von Fragmenten usw. Es gibt mehrere Anwendungen.
Juli 2024: Das PTF Genomics implementiert routinemäßig ein neues Hochdurchsatz-Sequenzierungspanel!
Ein neues Panel (mit dem Namen NGS_LP), das insbesondere von Ärzten/Biologen der Abteilungen Genetik (Leiter: Dr. Nicolas Gruchy) und Biologische Hämatologie (Leiter: Prof. Yohann Repessé) mit der methodischen Hilfe der PTF-Genomik-Ingenieurin Nadia Coudray entwickelt wurde, ist seit Sommer 2024 im Einsatz.
- Ein neues Panel zu welchem Zweck?: die gleichzeitige Sequenzierung von 177 Genen!
- Ein neues Panel für welche Pathologien? : hämatologische Malignome, aber nicht nur das ... jede frische Probe kann in diesem Panel analysiert werden (z. B.: Gefäßpathologien).
- Laufhäufigkeit: 1 Mal alle 15 Tage.
Mai 2024: Das PTF Génomique begrüßt einen neuen MiSEQ DX-Sequenzer 🙂
Dieser Sequenzierer wird den Einsatz neuer Panels zur Sequenzierung solider Tumore und mikrobieller Sequenzierung ermöglichen!
